Dadurch ergibt sich ein ganz interessantes Licht in der Kirche. Die Seitenschiffe sind deutlich dunkler als das Hauptschiff, die Fenster im Hauptschiff sind recht weit oben und liefern trotz ihrer Größe ein harmonisches gleichförmiges Licht. Durch diese Bauweise wird erreicht, dass die Säulen (rund) und Pfeiler (eckig) keine starken Schatten werfen. So liegt also nie ein Schatten auf dem Altar.

Als romanisch kann man Bauten bezeichnen, die schwere Stützen, kleine Fenster, dicke Mauern und Rundbögen in der Architektur aufweisen. All diese Merkmale finden sich in der Stiftskirche. 

Die Grundform der Kirche ist das Kreuz. Das Grundmaß der Kirche ist jedoch ein Quadrat, das sich aus der Anordnung der stützenden Pfeiler ergibt. Dieses Quadrat ergibt sich aus der Anlage der ersten Kirche, die an diesem Ort stand und deren Grundmauern heute die Krypta unter dem Hohen Chor bilden. Das Hauptschiff misst drei Quadrate. Dazu kommt eines in der Vierung, also dem Bereich, in dem sich Langhaus und Querhaus kreuzen. Östlich davon schließt sich ein weiteres Quadrat im Hohen Chor an. Das Hauptschiff ist 9m breit und 18m hoch, die Seitenschiffe jeweils 4,50m breit und 9m hoch. An diesen immer wiederkehrenden Maßen kann man gut die Regelmäßigkeit in der romanischen Bauweise erkennen. Sowohl in Höhe als auch Breite und Länge sind die Maße der Stiftskirche regelmäßig.

Die Säulen und Pfeiler stehen im sogenannten Niedersächsischen Stützenwechsel. Das heißt, dass auf jeden Pfeiler zwei Säulen folgen. Für das Hauptschiff ergeben sich dadurch 12 Säulen und 4 freistehende Pfeiler. Die 12 Säulen symbolisieren zum einen das Himmlische Jerusalem und zum anderen die 12 Apostel. Die vier Pfeiler können symbolhaft für die vier Evangelisten stehen.

Die heutige Ansicht der Stiftskirche ist eher jung. Der Kirchenbau, in dem wir uns heute befinden, ist bereits der vierte Kirchenbau an dieser Stelle und wurde 1129 geweiht. Man kann aufgrund der Farbreste davon ausgehen, dass die Kirche innen verputzt und bunt bemalt war. In der Reformationszeit wurden diese Malereien mit Kalk abgedeckt. 

Die Barockzeit des 17. Jahrhunderts brachte den Einbau von Emporen und eine Holztonnendecke mit sich. Diese Einbauten wurden im 19. Jahrhundert wieder entfernt. Ebenso wurden Putz und Farben entfernt, was dazu führt, dass sich die Kirche uns heute so steinsichtig zeigt. 

Auffällig sind die starken Höhenunterschiede in der Kirche. Der Hohe Chor verdient seinen Namen. Er liegt 22 Stufen höher als das Hauptschiff und bildet das Dach der Krypta. Normalerweise wird eine Krypta in den Boden eingetieft. Hier war die heutige Krypta der erste Kirchenbau, der dann durch den Bau der heutigen Stiftskirche überformt wurde, wodurch sich die Höhe des Chorraums ergibt. Schaut man von dort aus nach Westen, findet man eine Besonderheit dieser Kirche: die Westempore. 

Volkstümlich wird die Westempore auch „Kaiserloge“ genannt. Ob der Kaiser sich dort wirklich aufgehalten hat bei seinen Besuchen im Quedlinburger Stift, bleibt unklar. Symbolisch wäre das sehr interessant, da der Kaiser dann einen höheren Platz in der Stiftskirche einnimmt als die Priester und somit näher am Himmel und damit an Gott steht. Durch die familiären Beziehungen des Stifts zum Kaiserhaus in der Bauzeit der Stiftskirche ist dieser Gedanke nicht ganz abwegig. 
Eine sehr ähnliche Westempore findet man im Essener Dom und auch in der Stiftskirche Gandersheim – auch dort befanden sich bedeutende Frauenstifte. Die Quedlinburger Äbtissin war zumeist auch die Äbtissin von Gandersheim im 11. Jahrhundert. Beide Stifte befanden sich in der Hand der Ottonischen und später Salischen Familien. 

Im Hohen Chor der Stiftskirche Quedlinburg finden wir eine Orgel der Firma Schuke. Sie wurde 1972 eingebaut. In den Querhäusern befinden sich die beiden Schatzkammern. Auf der Nordseite ist der Zitter – eine Kammer, die bereits im 12. Jahrhundert eingebaut worden ist. Die Schatzkammer auf der Südseite wurde in den 1970er Jahren eingebaut. 

Den Ostabschluss bildet eine Rundapsis, die einen Altar beherbergt, den man um 1480 datieren kann. Auf der Nordseite finden wir einen bestickten Webteppich von 1994 und auf der Südseite Chorgestühl, das ursprünglich in der Krypta der Stiftskirche untergebracht war.

Das moderne Kreuz wurde 2006 in Betrieb genommen. Es ist ein Werk des Hallenser Künstlers Thomas Leu und trägt den Titel „Lichtgestalt“. Es ist aus Aluminium gefertigt und weist eine leichte Vergoldung auf der Innenseite auf. Das Licht der Fenster fällt manchmal darauf und lässt es besonders strahlen.